| 出現地域 | 敵 |
| 学校周辺 | 野良犬 |
| チンピラ | |
| ドバト | |
| ヤンキー | |
| 裏山（前半） | ドバト |
| 栗鼠 | |
| 兎 | |
| 狐 | |
| 猪 | |
| 百舌 | |
| 防空壕 | ネズミ |
| コウモリ | |
| はりつけ死体 | |
| くさった死体 | |
| 幽霊 | |
| 神社奥の森 | 野ネズミ |
| 蝮 | |
| 先科研倉庫地下 | ネズミ |
| コウモリ | |
| 吸血コウモリ | |
| 蝮 | |
| 排水溝（前半） | 働きアリ |
| ボウフラ | |
| ナメクジ | |
| 蜘蛛 | |
| 蚊 | |
| カエル | |
| 校庭 | 蚊 |
| スズメバチ | |
| ヤブ蚊 | |
| 蛾 | |
| アリの巣 | 働きアリ |
| 兵隊アリ | |
| 蟻人間 | |
| 羽根人間 | |
| 旧校舎地下 | 白アリ |
| 縮小人間の隠れ家周辺 | 蜘蛛 |
| ムカデ | |
| 幼虫 | |
| カタリムリ | |
| 食虫植物の巣 | 冬虫夏草 |
| エリカの胃（弁） | 胃液 |
| エリカの体内（胃） | ピロリ菌 |
| 消化中の物体 | |
| 踊り食いされた魚 | |
| エリカの体内（小腸） | じゅう毛 |
| 白血球 | |
| ビフィズス菌 | |
| 寄生体 | |
| サナダ虫 | |
| 変わり果てた物体 | |
| 吸収中の物体 | |
| エリカの体内（大腸） | 残りカス |
| 大腸菌 | |
| 抗体 | |
| 縮小ダイバー | |
| 校庭（成恵） | 働きアリ |
| 縮小人間 | |
| 排水溝（後半） | トビガエル |
| トカゲ | |
| ヤツデ | |
| 蛭 | |
| 吸血ヒル | |
| 大トカゲ | |
| 縮小人間の隠れ家（後半） | スカウターマシン |
| ハンターマシン | |
| 校庭（地仁田） | 洗脳された縮小人間 |
| モルフォ蝶 | |
| ハンタービートル | |
| 鍬形虫 | |
| 先科研部員 | |
| 木の中 | ダンゴムシ |
| 刀甲虫 | |
| 殺人蜂 | |
| マンドラコラ | |
| 青カビ | |
| セアカゴケグモ | |
| しびれグモ | |
| 鍬形虫 | |
| 冬虫夏草 | |
| 食虫根 | |
| 北校舎内 | 洗脳された縮小人間 |
| スカウターマシン | |
| ハンターマシン | |
| 先科研部員 | |
| 北校舎地下（縮小） | 洗脳された縮小人間 |
| シュリンカーハンター | |
| ハンタービートル | |
| アラクネ量産型 | |
| 先科研部員 | |
| 北校舎地下（通常） | 遺伝子合成生物 丙型 |
| 先科研戦闘部員 | |
| 先科研メインルーム地下１階 | 遺伝子合成生物 丙型 |
| 先科研戦闘部員 | |
| 警備ロボット | |
| パワードスーツ零式 | |
| ビット | |
| 先科研メインルーム地下２階 | スカウターマシン |
| ハンターマシン | |
| シュリンカーハンター | |
| ハンタービートル | |
| アラクネ量産型 | |
| 先科研メインルーム地下３階 | 遺伝子合成生物 丙型 |
| 遺伝子合成生物 乙型 | |
| 先科研戦闘部員 | |
| 先科研エリート戦闘部員 | |
| 先科研メインルーム先の地下 | 暗闇コウモリ |
| 洞窟コウモリ | |
| 大群ネズミ | |
| 裏山（後半） | 猛牛 |
| 凶暴サル | |
| 暴れ馬 | |
| 白狐 | |
| 大鷹 | |
| 荒鷲 | |
| 塔の地下 | ロボタンク |
| ビッグフット | |
| 塔 | 先科研エリート戦闘部員 |
| ロボタンク | |
| ビッグフット | |
| ダブルヘッド | |
| ダブルヘッド改 | |
| 修理用ロボット | |
| 自走砲塔 | |
| 四足歩行型パワードスーツ | |
| ビッグフット（先科研部員） | |
| ビッグフット（エリート部員） | |
| 遺跡 | 遮光器土偶 |
| 亡霊武者 | |
| カラクリ武者 | |
| 埴輪兵 | |
| 神社奥の森 | 乙事主 |
| 野槌 |
