PAML

PAML

系統解析用のソフトウェアだが、系統樹作成よりもpositive selectionの解析などの用途で用いられることが多い。

無料でPhylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)から入手できる。

2008/05/21時点でのファイル名は、

paml4b.OSXintel.tar.gz

解凍後、フォルダに移動し、

$ cd src
$ make -f Makefile.UNIX

だと以下のエラーが出てコンパイルに失敗した。

ld64-62.1 failed: library not found for -lcrt0.o
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [baseml] Error 1

改めてWindows用の

 paml4b.tar.gz

をダウンロード。

解凍後、フォルダに移動し、

$ rm bin/*.exe
$ cd src
$ make -f Makefile
$ ls -lF
$ rm *.o
$ mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 ../bin

で無事インストールできた。

以下は動くかどうかの確認。

$ cd ..
$ ls -lF bin
$ bin/baseml
$ bin/codeml
$ bin/evolver 

/examplesにいくつかの例が入っているので適宜参照する。

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Citations

• Yang, Z. 2007 PAML 4: Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood. Mol. Biol. Evol. 24, 1586-1591.