InterProScan


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InterProScan

蛋白質のモチーフをデータベースから検索するソフトウェア。データベースを含めたサイズが膨大なので注意。

無料でEBI Tools::InterProScanから入手できる。

4つのファイルをダウンロードする必要がある。それぞれの2008/05/15時点でのファイルは、
InterProScan本体。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/より
iprscan_v4.3.1.tar.gz
各OS用のバイナリファイル(InterProScanが利用する外部プログラムのバイナリ)。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/より
iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz (MacOSX用)
iprscan_DATA_17.0.tar.gz (Panther以外のdatabase)
iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz (Panther database)

ダウンロード後、同じフォルダ内に置き、Terminalから解凍。
$ gunzip -c iprscan_DATA_17.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_v4.3.1.tar.gz | tar -xvf -
解凍後の移動が面倒なので、ダブルクリックでの解凍はお勧めしません。

インストールするには、あらかじめインストールされていなければならないものが多い。CPANのサイトから大半はダウンロードできるので、名前で検索してダウンロード。

  • Expat
XMLファイルをパースするためのC言語のライブラリ。
SourceForge.net: Expat XML ParserからExpatをダウンロード。
expat-2.0.1.tar.gz
解凍後、
$ ./configure
$ make
$ sudo make install

  • XML::Parser
Expatを利用したPerlでかかれたXMLのパーサー。
XML-Parser-2.36
(あらかじめExpatがインストールされている必要がある)
解凍後、
$ perl Makefile.PL
$ make
$ make test
$ sudo make install

  • XML::Quote
解凍されたフォルダ内に移動して、
以降はXML::Parserと同じ。

他に要求されているPerlモジュールは
  • English
  • File::Basename
  • File::Copy
  • File::Path
  • File::Spec::Functions
  • Sys::Hostname
  • Mail::Send
  • FileHandle
  • IO::Scalar
  • CGI
  • URI::Escape
  • IO::String
(全部入れなければ動かないかどうかは知りません。私の場合は記載した3つだけでInterProScanがインストールできました。)


準備ができたら、InterProScanのインストールを行なう。
$ perl Config.pl
いくつか訊かれるので、Installing_InterProScan.txtを参考にして返答する。
ほとんどはdefaultで良いはずだが、
Reconfigure everything? (first time install) には、yを、
Enter chunk size には適当な数字を、
Do you want to configure this? にはnを、入れたらインストールが終わりました。


Citations

  • Zdobnov E.M. and Apweiler R. "InterProScan - an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro" Bioinformatics, 2001, 17(9): p. 847-8.
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