GBLOCKS


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Gblocks

あまり似ていない配列同士をアラインメントした場合、間違ったアラインメントをされていたり、多重置換が起こっていて系統解析に用いない方が良い座位が多数存在する。そのような座位を除外し、正しくアラインメントされているブロックだけを抽出するプログラム。

Castresana Research Group. Gblocksからダウンロードできる。

2008/01/07時点でのファイル名は、
Gblocks_Universal_0.91b.tar.Z (MacOSX Intel用)

解凍はダブルクリックか、
ターミナルから
$ gunzip Gblocks_Universal_0.91b.tar.Z
$ tar xvf Gblocks_Universal_0.91b.tar

解凍の後、フォルダに移動して、
Gblocksをダブルクリッックすることで使用可能。
Terminalからコマンドラインで使用できるようになる。
基本的な使用方法は、Documentationフォルダ中のGblocks_documentation.htmlを見ればわかる。




Citations

  • Talavera, G., and Castresana, J. (2007). Improvement of phylogenies after removing divergent and ambiguously aligned blocks from protein sequence alignments. Systematic Biology 56, 564-577.
  • Castresana, J. (2000). Selection of conserved blocks from multiple alignments for their use in phylogenetic analysis. Molecular Biology and Evolution 17, 540-552.
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