Phrap

Phrap

配列アセンブルの定番ソフトウェア。Phred, Consedと同じグループによる作成である。
非商用利用ならば、無料でPhred, Phrap, Consedから入手できる。

入手方法は、
まず、Academic user agreementをダウンロード、保存し、必要事項を記入する。
記入したAcademic user agreementをe-mailで開発者にメール本文として送付する。
数日すると開発者Phil GreenからPhrap/Cross_match/SWATがinstructionのメールとは別のメールで本文として送付されてくる。
このファイルはCのソースコードを圧縮したものである。

私はGmailで受け取ったのでwebmailの場合を記述するが、
メール本文をcopy&pasteでエディタに貼付け、Unix改行コードにして保存する。(ファイル名temp.mail)
instructionに従って

$ uudecode temp.mail
$ zcat distrib.tar.Z | tar xvf -
$ make

makeの際に

contigs.c:2150: warning: incompatible implicit declaration of built-in function 'strlen'
contigs.c:2153: warning: incompatible implicit declaration of built-in function 'strcpy'
contigs.c:2154: warning: incompatible implicit declaration of built-in function 'strcat'
pairs.c:1486: warning: incompatible implicit declaration of built-in function 'exit'

などの警告が出るが、コンパイルには問題ない。
フォルダ内にできたphrap, cross_match, swatなどのUnix実行ファイルがそれぞれのプログラム本体である。
必要に応じてPATHを通したり、PATHの通っているフォルダに移動する。

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Swat, Cross_match

上述の行程で、SwatとCross_matchの実行ファイルも生成される。
Swat, Cross_matchはSmith-Waterman-Gotohアルゴリズムに基づいた配列比較プログラムである。RepeatMaskerには配列比較プログラムとしてcross_matchを使用するためのモジュールCrossmatchSearchEngine.pmが付属する。

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Citations