WebLogo

WebLogo

マルチプルアラインメントの配列の相同性を視覚的に見ることができるSequence Logoを作成するソフトウェア。

WebLogoからダウンロードできる。

2007/06/28時点でのファイル名は、

weblogo.2.8.2.tar.gz

解凍はダブルクリックか、
ターミナルから

$ gunzip weblogo.2.8.2.tar.gz
$ tar xvf weblogo.2.8.2.tar

解凍の後、フォルダに移動して、

$ ./seqlogo -f globin.fasta > globin.eps

で実行可能。
EPSファイルが作成されるので、任意のグラフィックソフトで見ることができる。
(MacOSX標準のPreViewでも見ることが可能。)
GhostscriptをインストールすればPDF, PNGファイルの生成も可能。

$ ./seqlogo -F PDF -f globin.fasta > globin.pdf
$ ./seqlogo -F PNG -f globin.fasta > globin.pdf

(エラーメッセージ：GPL Ghostscript 8.56: Set UseCUEColor for UseDeviceIndependentColor to work properly.が出るがPDFファイルは出力される)

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Citations

• Crooks GE, Hon G, Chandonia JM, Brenner SE WebLogo: A sequence logo generator, Genome Research, 14:1188-1190, (2004)
• Schneider TD, Stephens RM. 1990. Sequence Logos: A New Way to Display Consensus Sequences. Nucleic Acids Res. 18:6097-6100