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「PAML」(2008/05/23 (金) 15:47:08) の最新版変更点
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*PAML
系統解析用のソフトウェアだが、系統樹作成よりもpositive selectionの解析などの用途で用いられることが多い。
無料で[[Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)>http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html]]から入手できる。
2008/05/21時点でのファイル名は、
paml4b.OSXintel.tar.gz
解凍後、フォルダに移動し、
$ cd src
$ make -f Makefile.UNIX
だと以下のエラーが出てコンパイルに失敗した。
ld64-62.1 failed: library not found for -lcrt0.o
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [baseml] Error 1
改めてWindows用の
paml4b.tar.gz
をダウンロード。
解凍後、フォルダに移動し、
$ rm bin/*.exe
$ cd src
$ make -f Makefile
$ ls -lF
$ rm *.o
$ mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 ../bin
$ cd ..
$ ls -lF bin
$ bin/baseml
$ bin/codeml
$ bin/evolver
----
**Citations
-Yang, Z. 2007 PAML 4: Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood. Mol. Biol. Evol. 24, 1586-1591.
*PAML
系統解析用のソフトウェアだが、系統樹作成よりもpositive selectionの解析などの用途で用いられることが多い。
無料で[[Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)>http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html]]から入手できる。
2008/05/21時点でのファイル名は、
paml4b.OSXintel.tar.gz
解凍後、フォルダに移動し、
$ cd src
$ make -f Makefile.UNIX
だと以下のエラーが出てコンパイルに失敗した。
ld64-62.1 failed: library not found for -lcrt0.o
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [baseml] Error 1
改めてWindows用の
paml4b.tar.gz
をダウンロード。
解凍後、フォルダに移動し、
$ rm bin/*.exe
$ cd src
$ make -f Makefile
$ ls -lF
$ rm *.o
$ mv baseml basemlg codeml pamp evolver yn00 chi2 ../bin
で無事インストールできた。
以下は動くかどうかの確認。
$ cd ..
$ ls -lF bin
$ bin/baseml
$ bin/codeml
$ bin/evolver
/examplesにいくつかの例が入っているので適宜参照する。
----
**Citations
-Yang, Z. 2007 PAML 4: Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood. Mol. Biol. Evol. 24, 1586-1591.
