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*InterProScan
蛋白質のモチーフをデータベースから検索するソフトウェア。
無料で[[EBI Tools::InterProScan>http://www.ebi.ac.uk/Tools/InterProScan/]]から入手できる。
4つのファイルをダウンロードする必要がある。それぞれの2008/05/15時点でのファイルは、
InterProScan本体。
[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/]]より
iprscan_v4.3.1.tar.gz
各OS用のバイナリファイル（InterProScanが利用する外部プログラムのバイナリ）。
[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/]]より
iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz (MacOSX用)
データベース２個。
[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/]]より
iprscan_DATA_17.0.tar.gz (Panther以外のdatabase)
iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz (Panther database)
ダウンロード後、同じフォルダ内に置き、Terminalから解凍。
$ gunzip -c iprscan_DATA_17.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_v4.3.1.tar.gz | tar -xvf -
解凍後の移動が面倒なので、ダブルクリックでの解凍はお勧めしません。
インストールするには、あらかじめインストールされていなければならないものが多い。[[CPANのサイト>http://search.cpan.org/]]から大半はダウンロードできるので、名前で検索してダウンロード。
-Expat
XMLファイルをパースするためのC言語のライブラリ。
[[SourceForge.net: Expat XML Parser>http://sourceforge.net/projects/expat/]]からExpatをダウンロード。
expat-2.0.1.tar.gz
解凍後、
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
-XML::Parser
Expatを利用したPerlでかかれたXMLのパーサー。
XML-Parser-2.36
（あらかじめExpatがインストールされている必要がある）
解凍後、
$ perl Makefile.PL
$ make
$ make test
$ sudo make install
-XML::Quote
解凍されたフォルダ内に移動して、
以降はXML::Parserと同じ。
他に要求されているPerlモジュールは
-English
-File::Basename
-File::Copy
-File::Path
-File::Spec::Functions
-Sys::Hostname
-Mail::Send
-FileHandle
-IO::Scalar
-CGI
-URI::Escape
-IO::String
(全部入れなければ動かないかどうかは知りません。私の場合は記載した３つだけでInterProScanがインストールできました。)
準備ができたら、InterProScanのインストールを行なう。
$ perl Config.pl
いくつか訊かれるので、Installing_InterProScan.txtを参考にして返答する。
ほとんどはdefaultで良いはずだが、
Reconfigure everything? (first time install) には、yを、
Enter chunk size には適当な数字を、
Do you want to configure this? にはnを、入れたら進みました。
----
**Citations
-Zdobnov E.M. and Apweiler R. "InterProScan - an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro" Bioinformatics, 2001, 17(9): p. 847-8.
*InterProScan
蛋白質のモチーフをデータベースから検索するソフトウェア。データベースを含めたサイズが膨大なので注意。
無料で[[EBI Tools::InterProScan>http://www.ebi.ac.uk/Tools/InterProScan/]]から入手できる。
4つのファイルをダウンロードする必要がある。それぞれの2008/05/15時点でのファイルは、
InterProScan本体。
[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/]]より
iprscan_v4.3.1.tar.gz
各OS用のバイナリファイル（InterProScanが利用する外部プログラムのバイナリ）。
[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/]]より
iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz (MacOSX用)
データベース２個。
[[ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/]]より
iprscan_DATA_17.0.tar.gz (Panther以外のdatabase)
iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz (Panther database)
ダウンロード後、同じフォルダ内に置き、Terminalから解凍。
$ gunzip -c iprscan_DATA_17.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_v4.3.1.tar.gz | tar -xvf -
解凍後の移動が面倒なので、ダブルクリックでの解凍はお勧めしません。
インストールするには、あらかじめインストールされていなければならないものが多い。[[CPANのサイト>http://search.cpan.org/]]から大半はダウンロードできるので、名前で検索してダウンロード。
-Expat
XMLファイルをパースするためのC言語のライブラリ。
[[SourceForge.net: Expat XML Parser>http://sourceforge.net/projects/expat/]]からExpatをダウンロード。
expat-2.0.1.tar.gz
解凍後、
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
-XML::Parser
Expatを利用したPerlでかかれたXMLのパーサー。
XML-Parser-2.36
（あらかじめExpatがインストールされている必要がある）
解凍後、
$ perl Makefile.PL
$ make
$ make test
$ sudo make install
-XML::Quote
解凍されたフォルダ内に移動して、
以降はXML::Parserと同じ。
他に要求されているPerlモジュールは
-English
-File::Basename
-File::Copy
-File::Path
-File::Spec::Functions
-Sys::Hostname
-Mail::Send
-FileHandle
-IO::Scalar
-CGI
-URI::Escape
-IO::String
(全部入れなければ動かないかどうかは知りません。私の場合は記載した３つだけでInterProScanがインストールできました。)
準備ができたら、InterProScanのインストールを行なう。
$ perl Config.pl
いくつか訊かれるので、Installing_InterProScan.txtを参考にして返答する。
ほとんどはdefaultで良いはずだが、
Reconfigure everything? (first time install) には、yを、
Enter chunk size には適当な数字を、
Do you want to configure this? にはnを、入れたらインストールが終わりました。
----
**Citations
-Zdobnov E.M. and Apweiler R. "InterProScan - an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro" Bioinformatics, 2001, 17(9): p. 847-8.
