小島生物学御研究室 @ ウィキ
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*小島生物学御研究室@Wiki このページは、[[小島生物学御研究室>http://www.geocities.jp/selfish_genetic_elements/index.html]]の飛び地のような位置づけです。主に、bioinformaticsのツールのインストール方法について記述していこうと思っています。 **MacOSX いまさら言うまでもなくMacOSXはUnixをベースにしたOSです。ターミナルを起動すれば簡単にUnixのソフトウェアを使用することができます。しかも、OS付属のDeveloperToolsをインストールすれば、C, C++, Ruby, Perl, Javaといったプログラミング言語が使用可能なので、プログラミングに慣れていない人でも簡単に始めることができる利点があります。もちろん、LinuxでもWindowsでもプログラムはできますが、MacOSXを使うよりも余分に知識が必要になるので、私はMacOSXをこれからbioinformaticsを勉強しようという人にはお勧めします。ということで、ここでは、MacOSXへの各種Unixソフトウェアのインストール方法を記すことにします。以下に示す環境での手順ですので、環境が異なる場合には適当に変更してください。 **コンピュータ環境 |HardWare|MacBookPro2,2| |CPU|2.33GHz Intel Core 2 Duo| |Memory|3GB| |OS|MacOSX 10.4.9 (Tiger)| ---- **目次 配列解析 -[[Phred]] ベースコーリング -[[Phrap]] 配列アセンブル -[[WU-BLAST]] 相同性検索 -[[RepeatMasker]] 反復配列マスキング -[[WebLogo]] Sequence Logo作成 -[[Jalview]] アラインメント表示 -[[GBLOCKS]] 保存された配列ブロックの抽出 -[[InterProScan]] 蛋白質のモチーフ検索（作成中） -[[Sequence Analysis]] 配列エディタ 系統解析 -[[Treefinder]] 最尤法による系統解析 -[[ModelGenerator]] モデル推定 -[[PAML]] 系統解析、祖先配列の推定、選択圧の検出等 環境設定 -[[Ghostscript]] Postscript, PDFファイル等の出入力 -[[bioruby]] BioRuby バイオインフォマティクス用のRubyのライブラリ集。 ---- **制作者情報 |氏名|小島　健司　（こじま　けんじ）| |所属|東京工業大学大学院生命理工学研究科| |学位|博士（生命科学）| |専門分野|転移因子、利己的遺伝子、分子進化| |所属学会|日本進化学会、日本遺伝学会、日本分子生物学会、日本バイオインフォマティクス学会| 論文検索 by [[PubMed>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=search&term=%22Kojima+KK%22%5BAuthor%5D]]/[[GoogleScholar>http://scholar.google.com/scholar?q=%22author%3AK.%20K.%20Kojima%22]]
*小島生物学御研究室@Wiki このページは、[[小島生物学御研究室>http://www.geocities.jp/selfish_genetic_elements/index.html]]の飛び地のような位置づけです。主に、bioinformaticsのツールのインストール方法について記述していこうと思っています。 **MacOSX いまさら言うまでもなくMacOSXはUnixをベースにしたOSです。ターミナルを起動すれば簡単にUnixのソフトウェアを使用することができます。しかも、OS付属のDeveloperToolsをインストールすれば、C, C++, Ruby, Perl, Javaといったプログラミング言語が使用可能なので、プログラミングに慣れていない人でも簡単に始めることができる利点があります。もちろん、LinuxでもWindowsでもプログラムはできますが、MacOSXを使うよりも余分に知識が必要になるので、私はMacOSXをこれからbioinformaticsを勉強しようという人にはお勧めします。ということで、ここでは、MacOSXへの各種Unixソフトウェアのインストール方法を記すことにします。以下に示す環境での手順ですので、環境が異なる場合には適当に変更してください。 **コンピュータ環境 |HardWare|MacBookPro2,2| |CPU|2.33GHz Intel Core 2 Duo| |Memory|3GB| |OS|MacOSX 10.4.9 (Tiger)| ---- **目次 配列解析 -[[Phred]] ベースコーリング -[[Phrap]] 配列アセンブル -[[WU-BLAST]] 相同性検索 -[[RepeatMasker]] 反復配列マスキング -[[WebLogo]] Sequence Logo作成 -[[Jalview]] アラインメント表示 -[[GBLOCKS]] 保存された配列ブロックの抽出 -[[InterProScan]] 蛋白質のモチーフ検索（作成中） -[[Sequence Analysis]] 配列エディタ 系統解析 -[[Treefinder]] 最尤法による系統解析 -[[ModelGenerator]] モデル推定 -[[PAML]] 系統解析、祖先配列の推定、選択圧の検出等 環境設定 -[[Ghostscript]] Postscript, PDFファイル等の出入力 -[[bioruby]] BioRuby バイオインフォマティクス用のRubyのライブラリ集。 ---- **制作者情報 |氏名|小島　健司　（こじま　けんじ）| |所属|東京工業大学大学院生命理工学研究科| |学位|博士（生命科学）| |専門分野|転移因子、利己的遺伝子、分子進化| |所属学会|日本進化学会、日本遺伝学会、日本分子生物学会 論文検索 by [[PubMed>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=search&term=%22Kojima+KK%22%5BAuthor%5D]]/[[GoogleScholar>http://scholar.google.com/scholar?q=%22author%3AK.%20K.%20Kojima%22]]

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