InterProScan

InterProScan

蛋白質のモチーフをデータベースから検索するソフトウェア。データベースを含めたサイズが膨大なので注意。

無料でEBI Tools::InterProScanから入手できる。

4つのファイルをダウンロードする必要がある。それぞれの2008/05/15時点でのファイルは、
InterProScan本体。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/より

iprscan_v4.3.1.tar.gz

各OS用のバイナリファイル（InterProScanが利用する外部プログラムのバイナリ）。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/より

iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz (MacOSX用)

データベース２個。
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/DATA/より

iprscan_DATA_17.0.tar.gz (Panther以外のdatabase)
iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz (Panther database)

ダウンロード後、同じフォルダ内に置き、Terminalから解凍。

$ gunzip -c iprscan_DATA_17.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_PTHR_DATA_14.0.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_bin4.x_Darwin.tar.gz | tar -xvf -
$ gunzip -c iprscan_v4.3.1.tar.gz | tar -xvf -

解凍後の移動が面倒なので、ダブルクリックでの解凍はお勧めしません。

インストールするには、あらかじめインストールされていなければならないものが多い。CPANのサイトから大半はダウンロードできるので、名前で検索してダウンロード。

• Expat

XMLファイルをパースするためのC言語のライブラリ。
SourceForge.net: Expat XML ParserからExpatをダウンロード。

expat-2.0.1.tar.gz

解凍後、

$ ./configure
$ make
$ sudo make install

• XML::Parser

Expatを利用したPerlでかかれたXMLのパーサー。

XML-Parser-2.36

（あらかじめExpatがインストールされている必要がある）
解凍後、

$ perl Makefile.PL
$ make
$ make test
$ sudo make install

• XML::Quote

解凍されたフォルダ内に移動して、
以降はXML::Parserと同じ。

他に要求されているPerlモジュールは

• English
• File::Basename
• File::Copy
• File::Path
• File::Spec::Functions
• Sys::Hostname
• Mail::Send
• FileHandle
• IO::Scalar
• CGI
• URI::Escape
• IO::String

(全部入れなければ動かないかどうかは知りません。私の場合は記載した３つだけでInterProScanがインストールできました。)

準備ができたら、InterProScanのインストールを行なう。

$ perl Config.pl

いくつか訊かれるので、Installing_InterProScan.txtを参考にして返答する。
ほとんどはdefaultで良いはずだが、
Reconfigure everything? (first time install) には、yを、
Enter chunk size には適当な数字を、
Do you want to configure this? にはnを、入れたらインストールが終わりました。

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Citations

• Zdobnov E.M. and Apweiler R. "InterProScan - an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro" Bioinformatics, 2001, 17(9): p. 847-8.